Siden 1942 er Videnskabernes Selskabs guldmedalje blevet tildelt til personer uden for Selskabets medlemskreds, som har gjort en særlig indsats for dansk videnskab. Guldmedaljen kan ikke tildeles Selskabets medlemmer.

Selskabets guldmedalje tildeles ca. hvert fjerde år. På baggrund af en forespørgsel til Selskabets medlemmer, tager Præsidiet op til overvejelse, om der skulle findes en egnet kandidat til Selskabets guldmedalje. Forslag behandles i Præsidiet, hvorefter der sendes en indstilling til afstemning blandt Selskabets medlemmer, såfremt Præsidiet finder, at forslaget er velbegrundet. Der er ingen faste regler for, hvor ofte medaljen uddeles.

Overrækkelsen af guldmedaljen finder normalt sted på et ordinært medlemsmøde i Selskabet, hvor Selskabets protektor vil blive anmodet om at foretage overrækkelsen, og medaljemodtageren vil blive bedt om at give en meddelelse.